长期致力于晶体学与材料电子显微学研究，是我国材料电子显微学领域有国际影响力的学术带头人。

1988年本科毕业于大连理工大学材料工程系。曾师从我国著名冶金学家、晶体学家、中国电子显微事业的奠基人之一郭可信先生，在中国科学院北京电子显微镜实验室和大连理工大学从事十次对称准晶及复杂合金相的冶金学和晶体学研究，1991年获硕士学位，1994年获博士学位。

1995—2005年间先后在德国多特蒙德大学、日本精细陶瓷研究中心、东京大学、香港城市大学及德国尤利希（Juelich）研究中心等地从事固体材料结构与缺陷的高分辨电子显微学研究。

作为改革开放后较早一批有机会接受透射电子显微学专业性熏陶的学者之一，马秀良研究员30余年致力于晶体学与材料电子显微学研究。他曾长期任职于我国材料科学与工程领域的重要基地之一中国科学院金属研究所（2001—2022）。先后担任沈阳材料科学国家（联合）实验室固体原子像研究部主任（2006—2018），沈阳材料科学国家研究中心材料结构与缺陷研究部主任（2018—2022），中国科学院金属研究所第十二届学术委员会主任（2018—2022）。

2020年，应中国科学院物理研究所的邀请，全时任职于松山湖材料实验室并负责命名、组建和运行大湾区显微科学与技术研究中心；提议、协调和组织成立粤港澳大湾区显微科学与技术联盟理事会，深入探索“一国两制”下科教创新发展的新范式,该联盟现已成为粤港澳交叉开放的新窗口。

2026年，全职加入中国科学院东莞材料科学与技术研究所，担任大湾区显微科学与技术研究部负责人。